В моей организации есть несколько машин с водителями и может вы мне подскажете, как удобнее будет штрафы оплачивать?

Я обычно сразу по квитанции все оплачиваю, если какой то штраф приходит

В вашем случае лучше таким https://rosfines.ru/legal-entities/ сервисом лучше начать пользоваться. Через него очень удобно оплачивать штрафы организациям, у которых есть коммерческие автомобили. Сами им пользуемся, так что, обязательно попробуйте. Времени это много не занимает и задолженности получится избежать)